上方三撇紅色
代表「民有、民治、民享」，奮鬥開花，璀璨奪目
-下方五種顏色（源自中華民國建國之初，1912年－1928年的五色國旗）
代表漢、滿、蒙、回、藏，五族共和
進則歐、美、亞、非、拉 世界五大洲，和諧永續

孫文南院旨在連結引領在地各界與兩岸國際的經社融合跨域治理，尤重後現代階段的民間社群產學自發